Les sites désignés et gérés dans le cadre de ce projet incluent souvent des parties significatives d'habitats de l'Annexe 1 de la CE/92/43 qui bénéficieront directement des mesures prises pour la moule perlière car ils sont importants dans le cycle de vie de l’espèce.
Les habitats considérés sont les suivants :
- Rivières des étages planitiaires à montagnard avec végétation du ranunculion fluitantis et Callitricho-Batrachion (code 3260) ;
- Mégaphorbiaies hydrophiles d’ourlets planitiaires et des étages montagnard à alpin (code Natura 2000 : 6430) ;
- Forêts alluviales à Alnus glutinosa et Fraxinus excelsior (Alno-Padion, Alnion incarnae, Salicion albae) (codeNatura 2000 : 91E0) ;
- Prairies à Molinia sur sols calcaires, tourbeux ou et argilo-limoneux (Molinion caeruleae) (code Natura 2000 : 6410) ;
- Tourbières hautes dégradées encore susceptibles de régénération naturelle (code Natura 2000: 7120) ;
- Tourbières boisées (code Natura 2000 : 91D0) ;
- Formations herbeuses à Nardus, riches en espèces, sur substrats siliceux des zones montagnardes (code Natura 2000 : 6230) ;
- Prairie de fauche de montagne (type britannique avec Geranium sylvaticum) (code Natura 2000 : 6520) ;
- Landes sèches européennes (code Natura 2000 : 4030).
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