| Taxon | Nom FR | Famille | Statut | Protection |
| Aconitum napellus L. subsp. lusitanicum Rouy | Aconit napel, casque de Jupiter | Ranunculaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Actaea spicata L. | Actée | Ranunculaceae | | Annexe 7 |
| Adonis aestivalis L. | Adonis d'été | Ranunculaceae | 0 - éteint | |
| Adonis annua L. | Adonis d'automne | Ranunculaceae | 0 - éteint | |
| Adonis flammea Jacq. | Adonis flamme | Ranunculaceae | 0 - éteint | |
| Agrimonia procera Wallr. | Aigremoine odorante | Rosaceae | 3 - vulnérable | |
| Agrostemma githago L. | Nielle des blés | Caryophyllaceae | 0 - éteint | |
| Agrostis vinealis L. | Agrostis des sables | Poaceae | 2 - en danger | |
| Ajuga chamaepitys (L.) Schreb. | Bugle petit-pin | Lamiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Ajuga genevensis L. | Bugle de Genève | Lamiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Ajuga pyramidalis L. | Bugle en pyramide, bugle pyramidale | Lamiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Alchemilla filicaulis Buser subsp. filicaulis | Alchémille à tige filiforme | Rosaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Alchemilla filicaulis Buser subsp. vestita (Buser) Bradsh. | alchémille vêtue | Rosaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Alchemilla glaucescens Wallr. | Alchémille glauque | Rosaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Alchemilla micans Buser | Alchémille grêle | Rosaceae | 0 - éteint | Annexe 6b |
| Alchemilla monticola Opiz | Alchémille des montagnes | Rosaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Alisma gramineum Lej. | Plantain d'eau à feuilles de graminée | Alismataceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Alisma lanceolatum With. | Plantain d'eau lancéolé | Alismataceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Allium sphaerocephalon L. | Ail à tête ronde | Alliaceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Alopecurus aequalis Sobol. | Vulpin roux | Poaceae | 2 - en danger | |
| Alopecurus rendlei Eig | Vulpin utriculé | Poaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Althaea hirsuta L. | Guimauve hérissée | Malvaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Althaea officinalis L. | Guimauve officinale | Malvaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Alyssum alyssoides (L.) L. | Alysson calicinal | Brassicaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Anacamptis pyramidalis (L.) L.C.M. Rich | Orchis pyramidal | Orchidaceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Anagallis tenella (L.) L. | Mouron délicat | Primulaceae | 0 - éteint | |
| Anchusa arvensis (L.) Bieb. | Lycopside | Boraginaceae | 2 - en danger | |
| Andromeda polifolia L. | Andromède | Ericaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Antennaria dioica (L.) Gaertn. | Pied-de-chat, antennaire dioïque | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Anthemis cotula L. | Camomille puante, maroute | Asteraceae | 2 - en danger | |
| Anthemis tinctoria L. | Cota des teinturiers | Asteraceae | 2 - en danger | |
| Anthericum liliago L. | Phalangère à fleurs de lis | Liliaceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Anthericum ramosum L. | Phalangère rameuse | Liliaceae | 0 - éteint | |
| Aphanes australis Rydb. | Aphane à petits fruits | Rosaceae | 2 - en danger | |
| Apium inundatum (L.) Reichenb. f. | Ache inondée | Apiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Apium repens (Jacq.) Lag. | Ache rampante | Apiaceae | 0 - éteint | |
| Arabis glabra (L.) Bernh. | Arabette glabre | Brassicaceae | 2 - en danger | |
| Arabis turrita L. | Arabette tourette | Brassicaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Arctium tomentosum Mill. | Bardane tomenteuse | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Aristolochia clematitis L. | Aristoloche clématite, sarrasine | Aristolochiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Armeria maritima Willd. subsp. halleri (Wallr.) Rothm. | Gazon d'Olympe calaminaire | Plumbaginaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Arnica montana L. | Arnica | Asteraceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Arnoseris minima (L.) Schweigg. et Körte | Arnoséris naine | Asteraceae | 0 - éteint | |
| Artemisia alba Turra subsp. saxatilis (Waldst. et Kit.) P. Fourn. | Armoise blanche | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Artemisia campestris L. subsp. campestris | Armoise champêtre | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Asperula arvensis L. | Aspérule des champs | Rubiaceae | 0 - éteint | |
| Asplenium fontanum (L.) Bernh. | Doradille de Haller, doradille des fontaines | Aspleniaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Asplenium foreziense Le Grand | Doradille du Forez | Aspleniaceae | 0 - éteint | |
| Asplenium viride Huds. | Doradille verte | Aspleniaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Aster linosyris (L.) Bernh. | Aster linosyris | Asteraceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Avenula pratensis (L.) Dum. | Avoine des prés | Poaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Baldellia ranunculoides (L.) Parl. subsp. ranunculoides | Flûteau fausse-renoncule | Alismataceae | 0 - éteint | |
| Baldellia ranunculoides (L.) Parl. subsp. repens (Lam.) A. et D. Löve | Flûteau fausse-renoncule | Alismataceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Biscutella laevigata L. subsp. varia (Dum.) Rouy et Fouc. | Lunetière | Brassicaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Blackstonia perfoliata (L.) Huds. | Chlore perfoliée | Gentianaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Blysmus compressus (L.) Panzer ex Link | Scirpe comprimé | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Bolboschoenus maritimus (L.) Palla | Scirpe maritime | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Botrychium lunaria (L.) Swartz | Botryche lunaire, raisin de mai | Ophioglossaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Brassica nigra (L.) Koch | Moutarde noire | Brassicaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Bromus bromoideus (Lej.) Crépin | Brome des Ardennes | Poaceae | 0 - éteint | |
| Bromus commutatus Schrad. | Brome variable | Poaceae | 3 - vulnérable | |
| Bromus grossus Desf. ex DC. | Brome épais | Poaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6a |
| Bromus inermis Leyss. | Brome inerme | Poaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Bromus racemosus L. | Brome en grappe | Poaceae | 2 - en danger | |
| Bromus ramosus Huds. subsp. benekenii (Lange) Aschers. et Graebn. | Brome rude, brome de Beneken | Poaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Bromus secalinus L. | Brome seigle, brome faux-seigle | Poaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Bunium bulbocastanum L. | Noix de terre | Apiaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Buphtalmum salicifolium L. | oeil-de-boeuf à feuilles de saule, buphtalme | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Bupleurum rotundifolium L. | Buplèvre à feuilles rondes | Apiaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Butomus umbellatus L. | Butome en ombelle, jonc fleuri | Butomaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Calamagrostis phragmitoides Hartm. | Calamagrostis pourpre | Poaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Calamagrostis varia (Schrad.) Host | Calamagrostis des montagnes | Poaceae | 0 - éteint | |
| Calamintha ascendens Jord. | Calament ascendant | Lamiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Calendula arvensis L. | Souci des champs | Asteraceae | 0 - éteint | |
| Calepina irregularis (Asso) Thell. | Calépine | Brassicaceae | 0 - éteint | |
| Calla palustris L. | Calla | Araceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Callitriche hamulata Kütz. ex Koch | Callitriche à crochets | Callitrichaceae | 3 - vulnérable | |
| Callitriche obtusangula Le Gall | Callitriche à angles obtus | Callitrichaceae | 2 - en danger | |
| Callitriche palustris L. | Callitriche des marais, callitriche printanier | Callitrichaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Callitriche platycarpa Kütz. | Callitriche à fruits plats | Callitrichaceae | 3 - vulnérable | |
| Callitriche stagnalis Scop. | Callitriche des eaux stagnantes | Callitrichaceae | 3 - vulnérable | |
| Camelina alyssum (Mill.) Thell. | Caméline alysson | Brassicaceae | 0 - éteint | |
| Campanula cervicaria L. | Campanule cervicaire | Campanulaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Campanula glomerata L. | Campanule agglomérée | Campanulaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Campanula patula L. | Campanule étalée | Campanulaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Capsella rubella Reut. | Bourse-à-pasteur rougeâtre | Brassicaceae | 2 - en danger | |
| Cardamine bulbifera (L.) Crantz | Dentaire à bulbilles | Brassicaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Carex appropinquata C.F. Schumach. | Laîche paradoxale | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Carex arenaria L. | Laîche des sables | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Carex binervis Smith | Laîche à deux nervures | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Carex brizoides L. | Laîche brize | Cyperaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Carex canescens L. | Laîche blanchâtre | Cyperaceae | 3 - vulnérable | |
| Carex davalliana Smith | Laîche de Davall | Cyperaceae | 0 - éteint | |
| Carex depauperata Curt. ex With. | Laîche appauvrie | Cyperaceae | 0 - éteint | |
| Carex diandra Schrank | Laîche arrondie | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Carex dioica L. | Laîche dioïque | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Carex distans L. | Laîche à épis distants | Cyperaceae | 0 - éteint | Annexe 6b |
| Carex elata All. | Laîche raide | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Carex ericetorum Pollich | Laîche des landes | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Carex flava L. | Laîche jaunâtre | Cyperaceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Carex hostiana DC. | Laiche blonde | Cyperaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Carex humilis Leyss. | Laîche humble | Cyperaceae | 2 - en danger | |
| Carex lasiocarpa Ehrh. | Laîche filiforme | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Carex lepidocarpa Tausch | Laîche écailleuse | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Carex limosa L. | Laîche des bourbiers | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Carex montana L. | Laîche des montagnes | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Carex ornithopoda Willd. | Laîche pied-d'oiseau | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Carex pauciflora Lightf. | Laîche pauciflore | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Carex praecox Schreb. subsp. intermedia (Celak.) Schultze-Motel | Laîche précoce | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Carex praecox Schreb. subsp. praecox | laîche précoce | Cyperaceae | | |
| Carex pulicaris L. | Laîche puce | Cyperaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Carex reichenbachii Bonnet | Laîche de Reichenbach | Cyperaceae | 0 - éteint | |
| Carex tomentosa L. | Laîche tomenteuse | Cyperaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Carex umbrosa Hoppe | Laîche à racines nombreuses | Cyperaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Carex viridula Michaux var. viridula | Laîche tardive | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Carex vulpina L. | Laîche des renards | Cyperaceae | 2 - en danger | |
| Carum carvi L. | Carvi, cumin des prés | Apiaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Carum verticillatum (L.) Koch | Carvi verticillé | Apiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Catabrosa aquatica (L.) Beauv. | Catabrose | Poaceae | 3 - vulnérable | |
| Catapodium rigidum (L.) C.E. Hubbard | Catapode rigide | Poaceae | 3 - vulnérable | |
| Caucalis platycarpos L. | Caucalis à fruits aplatis | Apiaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Centaurea calcitrapa L. | Centaurée chausse-trape | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Centaurea cyanus L. | Centaurée bleuet, bleuet | Asteraceae | 2 - en danger | |
| Centaurea montana L. | Centaurée des montagnes | Asteraceae | 3 - vulnérable | Annexe 7 |
| Centaurium erythraea Rafn | Erythrée petite centaurée | Gentianaceae | | Annexe 7 |
| Centaurium pulchellum (SW.) Druce | Erythrée élégante | Gentianaceae | | Annexe 7 |
| Centunculus minimus L. | Centenille | Primulaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Cephalanthera damasonium (Mill.) Druce | Céphalanthère à grandes fleurs | Orchidaceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Cephalanthera longifolia (L.) Fritsch | Céphalanthère à feuilles en épée | Orchidaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Cephalanthera rubra (L.) L. C. M. Rich. | Céphalanthère rose | Orchidaceae | 0 - éteint | |
| Ceratocapnos claviculata (L.) Liden | Corydale à vrilles | Fumariaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Ceratophyllum demersum L. | Cératophylle épineux, cornifle | Ceratophyllaceae | 3 - vulnérable | |
| Chenopodium glaucum L. | chénopode glauque | Chenopodiaceae | | |
| Chenopodium hybridum L. | chénopode hybride | Chenopodiaceae | | |
| Chenopodium urbicum L. | Chénopode des villages | Chenopodiaceae | 0 - éteint | |
| Chenopodium vulvaria L. | Chénopode fétide, chénopode puant | Chenopodiaceae | 0 - éteint | |
| Cicendia filiformis (L.) Delarbre | Cicendie filiforme | Gentianaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Cicuta virosa L. | Ciguë vireuse | Apiaceae | 0 - éteint | |
| Circaea alpina L. | Circée des Alpes | Onagraceae | 0 - éteint | |
| Cirsium dissectum (L.) Hill. | Cirse anglais | Asteraceae | 0 - éteint | |
| Cirsium eriophorum (L.) Scop. | Cirse laineux | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Cirsium tuberosum (L.) All. | Cirse tubéreux | Asteraceae | 0 - éteint | |
| Cladium mariscus (L.) Pohl | Marisque | Cyperaceae | 0 - éteint | |
| Cochlearia pyrenaica DC. | cochléaire des Pyrénées, cranson, herbe-aux- cuillères, herbe-au-scorbut. | Brassicaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Coeloglossum viride (L.) Hartman | Coeloglosse, orchis grenouille | Orchidaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Coincya monensis (L.) Greuter et Burdet subsp. cheiranthos (Vill.) Aedo, Leadlay et Munoz Garmendia | Moutarde giroflée | Brassicaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Conium maculatum L. | Grande ciguë, cigüe tachée | Apiaceae | 2 - en danger | |
| Consolida regalis S.F. Gray | Dauphinelle consoude, pied-d'alouette | Ranunculaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Corallorhiza trifida Châtel. | Corallorhize, racine de corail | Orchidaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Corrigiola litoralis L. | Corrigiole des rives | Caryophyllaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Corynephorus canescens (L.) Beauv. | Corynéphore | Poaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Cotoneaster integerrimus Med. | Cotonéaster sauvage | Malaceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Crassula tillaea Lester-Garland | Mousse fleurie | Crassulaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Crepis foetida L. | Barkhausie fétide | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Crepis polymorpha Pourr. | Barkhausie à feuilles de pissenlit | Asteraceae | 3 - vulnérable | |
| Cryptogramma crispa (L.) R. Brown ex Hook. | Allosore | Adiantaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Cucubalus baccifer L. | Cucubale | Caryophyllaceae | 0 - éteint | |
| Cuscuta epilinum Weihe | Cuscute du lin | Cuscutaceae | 0 - éteint | |
| Cuscuta epithymum (L.) L. | Petite cuscute | Cuscutaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Cynoglossum germanicum Jacq. | Cynoglosse d'Allemagne | Boraginaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Cyperus flavescens L. | Souchet jaunâtre | Cyperaceae | 0 - éteint | |
| Cyperus fuscus L. | Souchet brun | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Cypripedium calceolus L. | Sabot de Vénus | Orchidaceae | 0 - éteint | |
| Dactylorhiza fuchsii (Druce) Soó | Orchis de Fuchs, orchis tacheté des bois | Orchidaceae | 3 - vulnérable | Annexe 7 |
| Dactylorhiza incarnata (L.) Soó | Orchis incarnat | Orchidaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Dactylorhiza maculata (L.) Soó | Orchis tacheté | Orchidaceae | | Annexe 6b |
| Dactylorhiza majalis (Reichenb.) P.F. Hunt et Summerh. | Orchis à larges feuilles, orchis de mai | Orchidaceae | | Annexe 6b |
| Dactylorhiza praetermissa (Druce) Soó | Orchis négligé | Orchidaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Dactylorhiza sphagnicola (Höppner) Averyanov | Orchis des sphaignes | Orchidaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Daphne laureola L. | Laurier des bois | Thymelaeaceae | 3 - vulnérable | |
| Daphne mezereum L. | Bois-gentil, bois-joli | Thymelaeaceae | | Annexe 6b |
| Delia segetalis (L.) Dum. | Spergulaire des moissons | Caryophyllaceae | 0 - éteint | |
| Descurainia sophia (L.) Webb ex Prantl | Sagesse des chirurgiens, herbe de Sainte-Sophie | Brassicaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Dianthus armeria L. | oeillet velu | Caryophyllaceae | 3 - vulnérable | |
| Dianthus deltoides L. | Oeillet deltoïde | Caryophyllaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Dianthus gratianopolitanus Vill. | Oeillet mignardise | Caryophyllaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Digitalis grandiflora Mill. | Digitale à grandes fleurs | Scrophulariaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Diphasiastrum alpinum (L.) Holub | Lycopode des Alpes | Lycopodiaceae | 0 - éteint | Annexe 6b |
| Diphasiastrum complanatum (L.) Holub | Lycopode aplati | Lycopodiaceae | 0 - éteint | |
| Diphasiastrum issleri (Rouy) Holub | Lycopode d'Issler | Lycopodiaceae | 0 - éteint | Annexe 6b |
| Diphasiastrum tristachyum (Pursh) Holub | Lycopode petit-cyprès | Lycopodiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Diphasiastrum zeilleri (Rouy) Holub | Lycopode de Zeiller | Lycopodiaceae | 0 - éteint | Annexe 6b |
| Doronicum pardalianches L. | Doronic à feuilles cordées | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Draba aizoides L. | Drave faux-aizoon | Brassicaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Draba muralis L. | Drave des murailles | Brassicaceae | 2 - en danger | |
| Drosera anglica Hayne | Rossolis à feuilles longues | Droseraceae | 0 - éteint | |
| Drosera intermedia Hayne | Rossolis intermédiaire | Droseraceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Drosera rotundifolia L. | Rossolis à feuilles rondes | Droseraceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Dryopteris cristata (L.) A. Gray | Dryoptéris à crêtes | Dryopteridaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Dryopteris expansa (C. Presl) Frazer-Jenkins et Jermy | Dryoptéris élargi | Dryopteridaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Elatine hexandra (Lapierre) DC. | Elatine à six étamines | Elatinaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Elatine hydropiper L. | Elatine poivre d'eau | Elatinaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Elatine triandra Schkuhr | Elatine à trois étamines | Elatinaceae | 0 - éteint | |
| Eleocharis acicularis (L.) Roem. et Schult. | Scirpe épingle | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Eleocharis ovata (Roth) Roem. et Schult. | Scirpe à inflorescence ovoïde | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Eleocharis quinqueflora (F.X. Hartm.) O. Schwartz | Scirpe pauciflore | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Eleocharis uniglumis (Link) Schultes | Scirpe à une écaille | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Empetrum nigrum L. | Camarine | Empetraceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Epilobium collinum C.C. Gmel. | Epilobe des collines | Onagraceae | 2 - en danger | |
| Epilobium lanceolatum Seb. et Mauri | Epilobe à feuilles lancéolées | Onagraceae | 2 - en danger | |
| Epipactis atrorubens (Hoffm.) Besser | Epipactis brun rouge | Orchidaceae | | Annexe 6b |
| Epipactis helleborine (L.) Crantz | Epipactis à larges feuilles | Orchidaceae | | Annexe 7 |
| Epipactis leptochila (Godf.) Godf. subsp. leptochila | Epipactis à labelle étroit | Orchidaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Epipactis leptochila (Godf.) Godf. subsp. neglecta Kümpel | Epipactis négligé | Orchidaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Epipactis microphylla (Ehrh.) Swartz | Epipactis à petites feuilles | Orchidaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Epipactis muelleri Godf. | Epipactis de Müller | Orchidaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Epipactis palustris (L.) Crantz | Epipactis des marais | Orchidaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Epipactis purpurata Smith | Epipactis pourpre | Orchidaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Equisetum hyemale L. | Prêle d'hiver | Equisetaceae | 2 - en danger | Annexe 7 |
| Equisetum variegatum Schleich. | Prêle panachée | Equisetaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Erica tetralix L. | Bruyère quaternée | Ericaceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Eriophorum gracile Koch ex Roth | Linaigrette grêle | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Eriophorum latifolium Hoppe | Linaigrette à feuilles larges | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Eriophorum vaginatum L. | Linaigrette vaginée | Cyperaceae | | Annexe 6b |
| Eryngium campestre L. | Panicaut champêtre, chardon roulant | Apiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Euphorbia brittingeri Opiz ex Samp. | Euphorbe verruqueuse | Euphorbiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Euphorbia dulcis L. subsp. incompta (Cesati) Nyman | Euphorbe douce | Euphorbiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Euphorbia platyphyllos L. | Euphorbe à larges feuilles | Euphorbiaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Euphrasia micrantha Reichenb. | Euphraise grêle | Scrophulariaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Euphrasia officinalis L. subsp. monticola Silverside | Euphraise glanduleuse | Scrophulariaceae | 0 - éteint | |
| Falcaria vulgaris Bernh. | Falcaire, berle en faucille | Apiaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Festuca heteropachys (St-Yves) Patzke ex Auquier | Fétuque à feuilles inégales | Poaceae | 3 - vulnérable | |
| Festuca heterophylla Lam. | Fétuque hétérophylle | Poaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Festuca ovina L. subsp. guestfalica (Boenningh. ex Reichenb.) K. Richt. | Fétuque de Westphalie | Poaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Festuca pallens Host | fétuque des rochers calcaires, fétuque penchée | Poaceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Filago arvensis L. | Cotonnière des champs | Asteraceae | 0 - éteint | |
| Filago lutescens Jord. | Cotonnière jaunâtre | Asteraceae | 0 - éteint | |
| Filago minima (Smith) Pers. | Cotonnière naine | Asteraceae | 3 - vulnérable | |
| Filago neglecta (Soyer-Will.) DC. | Cotonnière négligée | Asteraceae | 0 - éteint | |
| Filago pyramidata L. | Cotonnière à feuilles spatulées | Asteraceae | 0 - éteint | |
| Filago vulgaris Lam. | Cotonnière allemande | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Filipendula vulgaris Moench | Spirée filipendule | Rosaceae | 0 - éteint | Annexe 6b |
| Fritillaria meleagris L. | Fritillaire | Liliaceae | 0 - éteint | |
| Fumana procumbens (Dun.) Gren. et Godr. | Fumana couché | Cistaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Fumaria capreolata L. | Fumeterre grimpante | Fumariaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Fumaria densiflora DC. | Fumeterre à fleurs serrées | Fumariaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Fumaria muralis Sond. ex Koch subsp. boraei (Jord.) Pugsley | Fumeterre des murailles | Fumariaceae | 0 - éteint | |
| Fumaria parviflora Lam. | Fumeterre à petites fleurs | Fumariaceae | 0 - éteint | |
| Fumaria vaillantii Loisel. | Fumeterre de Vaillant | Fumariaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Gagea spathacea (Hayne) Salisb. | Gagée à spathe | Liliaceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Gagea villosa (Bieb.) Duby | Gagée des champs | Liliaceae | 0 - éteint | |
| Galanthus nivalis L. var. scharlockii Caspary | Perce-neige de Scharlock | Armaryllidaceae | 3 - vulnérable | Annexe 7 |
| Galeopsis speciosa Mill. | Galéopsis versicolore | Lamiaceae | 0 - éteint | |
| Galium boreale L. | Gaillet boréal | Rubiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Galium glaucum L. | Gaillet glauque | Rubiaceae | 0 - éteint | |
| Galium tricornutum Dandy | Gaillet à trois pointes | Rubiaceae | 0 - éteint | |
| Genista germanica L. | Genêt d'Allemagne | Fabaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Gentiana cruciata L. | Gentiane croisette | Gentianaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Gentiana pneumonanthe L. | Gentiane pneumonanthe | Gentianaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Gentianella campestris (L.) Börner | Gentiane champêtre | Gentianaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Gentianella ciliata (L.) Borkh. | Gentiane ciliée | Gentianaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Geranium lucidum L. | Géranium luisant | Geraniaceae | 2 - en danger | |
| Geranium sanguineum L. | Géranium sanguin | Geraniaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Globularia bisnagarica L. | Globulaire | Globulariaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Gnaphalium luteoalbum L. | Gnaphale jaunâtre | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Goodyera repens (L.) R. Brown | goodyéra rampant | Orchidaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Gratiola officinalis L. | Gratiole | Scrophulariaceae | 0 - éteint | |
| Groenlandia densa (L.) Fourr. | Potamot dense | Potamogetonaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Gymnadenia conopsea (L.) R. Brown | Gymnadénie moucheron | Orchidaceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Gymnadenia odoratissima (L.) L. C. M. Rich. | Gymnadénie odorante | Orchidaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Gypsophila muralis L. | Gypsophile des moissons | Caryophyllaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Hammarbya paludosa (L.) O. Kuntze | Malaxide des marais | Orchidaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Helianthemum apenninum (L.) Mill. | Hélianthème des Apennins | Cistaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Helichrysum arenarium (L.) Moench | Immortelle des sables | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Helleborus viridis L. subsp. occidentalis (Reut.) Schiffn. | Hellébore vert | Ranunculaceae | 2 - en danger | |
| Herniaria hirsuta L. | Herniaire hérissée | Caryophyllaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Hieracium glaucinum Jord. | Epervière précoce | Asteraceae | 3 - vulnérable | |
| Hieracium lactucella Wallr. | Epervière petite-laitue | Asteraceae | 2 - en danger | |
| Hieracium peleterianum Mérat | Epervière de Lepeletier | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Hieracium schmidtii Tausch | Epervière pâle, épervière de Schmidt | Asteraceae | 0 - éteint | |
| Hieracium vogesiacum (Kirschl.) Fries | Epervière des Vosges | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Himantoglossum hircinum (L.) Spreng. | Loroglosse, orchis bouc | Orchidaceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Hippuris vulgaris L. | Pesse d'eau | Hippuridaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Holosteum umbellatum L. | Holostée en ombelle | Caryophyllaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Hordelymus europaeus (L.) Harz | Orge des bois | Poaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Hordeum secalinum Schreb. | Orge faux-seigle | Poaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Hottonia palustris L. | Hottonie des marais | Primulaceae | 3 - vulnérable | |
| Huperzia selago (L.) Bernh. ex Schrank et Mart. | Lycopode sélagine | Lycopodiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Hyacinthoides non- scripta (L.) Chouard ex Rothm. | Jacinthe des bois | Liliaceae | | Annexe 7 |
| Hydrocharis morsus-ranae L. | Hydrocharis, petit nénuphar | Hydrocharitaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Hymenophyllum tunbrigense (L.) Smith | Hyménophylle | Hymenophyllaceae | 0 - éteint | |
| Hyoscyamus niger L. | Jusquiame noire | Solanaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Hypericum androsaemum L. | Androsème, toute-saine | Hypericaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Hypericum elodes L. | Millepertuis des marais | Hypericaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Hypericum linariifolium Vahl | Millepertuis à feuilles de linaire | Hypericaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Hypericum montanum L. | Millepertuis des montagnes | Hypericaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Hypochoeris glabra L. | Porcelle glabre | Asteraceae | 0 - éteint | |
| Hypochoeris maculata L. | Porcelle tachée | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Iberis amara L. | Ibéris amer | Brassicaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Illecebrum verticillatum L. | Illécèbre | Caryophyllaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Inula britannica L. | Inule des fleuves | Asteraceae | 0 - éteint | |
| Inula salicina L. | Inule à feuilles de saule | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Jasione montana L. | Jasione des montagnes | Campanulaceae | 2 - en danger | |
| Juncus capitatus Weig. | Jonc à inflorescence globuleuse | Juncaceae | 0 - éteint | |
| Juncus filiformis L. | Jonc filiforme | Juncaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Juncus pygmaeus L.C.M. Rich. | Jonc nain | Juncaceae | 0 - éteint | |
| Juncus subnodulosus Schrank | Jonc à tépales obtus | Juncaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Juncus tenageia L. f. | Jonc des marécages | Juncaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Juniperus communis L. | Genévrier commun | Cupressaceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Kickxia spuria (L.) Dum. | Linaire bâtarde | Scrophulariaceae | 2 - en danger | |
| Knautia dipsacifolia Kreutzer | Knautie des bois | Dipsacaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Koeleria albescens DC. | Koelérie blanchâtre | Poaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Koeleria pyramidata (Lam.) Beauv. | Koelérie pyramidale | Poaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Lactuca perennis L. | Laitue vivace | Asteraceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Lactuca saligna L. | Laitue à feuilles de saule | Asteraceae | 0 - éteint | |
| Lathraea clandestina L. | Lathrée clandestine | Orobanchaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Lathyrus aphaca L. | Gesse sans feuilles | Fabaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Lathyrus hirsutus L. | Gesse hérissée | Fabaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Lathyrus nissolia L. | Gesse de Nissole | Fabaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Leersia oryzoides (L.) Swartz | Faux-riz | Poaceae | 2 - en danger | |
| Legousia hybrida (L.) Delarbre | Petite spéculaire | Campanulaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Legousia speculum-veneris (L.) Chaix | Miroir de vénus | Campanulaceae | 2 - en danger | |
| Lemna gibba L. | Lentille d'eau gibbeuse | Lemnaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Leonurus cardiaca L. | Agripaume | Lamiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Leucojum aestivum L. | Nivéole d'été | Amaryllidaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Leucojum vernum L. | Nivéole printanière | Armaryllidaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Limodorum abortivum (L.) Swartz | Limodore | Orchidaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Limosella aquatica L. | Limoselle | Scrophulariaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Linaria arvensis (L.) Desf. | Linaire des champs | Scrophulariaceae | 0 - éteint | |
| Linum leonii F.W. SChultz | Lin français | Linaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Linum tenuifolium L. | Lin à feuilles étroites | Linaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Liparis loeselii (L.) L.C.M. Rich. | Liparis | Orchidaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6a |
| Listera ovata (L.) R. Brown | Listère ovale, double-feuille | Orchidaceae | | Annexe 7 |
| Lithospermum arvense L. | Grémil des champs | Boraginaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Littorella uniflora (L.) Aschers. | Littorelle | Plantaginaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Lobelia dortmanna L. | Lobélie de Dotmann | Lobeliaceae | 0 - éteint | |
| Lobelia urens L. | Lobélie brûlante | Lobeliaceae | 0 - éteint | |
| Lolium remotum Schrank | Ivraie du lin, ivraie à épillets espacés | Poaceae | 0 - éteint | |
| Lolium temulentum L. | ivraie enivrante, herbe à couteaux. | Poaceae | | |
| Lonicera xylosteum L. | Camérisier | Caprifoliaceae | 3 - vulnérable | |
| Lunaria rediviva L. | Lunaire vivace | Brassicaceae | 3 - vulnérable | |
| Luronium natans (L.) Rafin. | Flûteau nageant | Alismataceae | 0 - éteint | Annexe 6a |
| Luzula forsteri (Smith) DC. | Luzule de Forster | Juncaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Lychnis viscaria L. | Lychnis visqueux | Caryophyllaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Lycopodiella inundata (L.) Holub | Lycopode inondé | Lycopodiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Lycopodium annotinum L. | Lycopode à feuilles de genévrier | Lycopodiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Lycopodium clavatum L. | Lycopode en massue | Lycopodiaceae | 3 - vulnérable | Annexe 7 |
| Lythrum hyssopifolia L. | Salicaire à feuilles d'hysope | Lythraceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Malva alcea L. | Mauve alcée | Malvaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Marrubium vulgare L. | Marrube | Lamiaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Matteuccia struthiopteris (L.) Tod. | Matteuccie | Aspleniaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Medicago minima (L.) L. | Luzerne naine | Fabaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Melampyrum arvense L. | Mélampyre des champs, rougeole | Scrophulariaceae | 3 - vulnérable | |
| Melittis melissophyllum L. | Mélitte | Lamiaceae | 0 - éteint | |
| Mentha pulegium L. | Menthe pouliot | Lamiaceae | 0 - éteint | |
| Menyanthes trifoliata L. | Trèfle d'eau | Menyanthaceae | 3 - vulnérable | Annexe 7 |
| Mibora minima (L.) Desv. | Mibora | Poaceae | 0 - éteint | |
| Minuartia verna (L.) Hiern var. hercynica (Willk.) Friedrich | Alsine calaminaire | Caryophyllaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Moenchia erecta (L.) Gaertn., B. Mey. et Scherb. | Moenchie | Caryophyllaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Montia minor C. C. Gmel. | Montie printanière | Portulacaceae | 3 - vulnérable | |
| Myosotis stricta Link ex Roem. et Schult. | Myosotis raide | Boraginaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Myosurus minimus L. | Ratoncule naine, queue de souris | Ranunculaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Myrica gale L. | Piment royal | Myricaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Myriophyllum alterniflorum DC. | Myriophylle à fleurs alternes | Haloragaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Myriophyllum verticillatum L. | Myriophylle verticillé | Haloragaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Najas marina L. | Grande naïade | Najadaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Najas minor All. | Petite naïade | Najadaceae | 0 - éteint | |
| Nardurus maritimus (L.) Murb. | Nardure unilatéral | Poaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Narthecium ossifragum (L.) Huds. | Narthécie des marais | Liliaceae | 2 - en danger | |
| Neotinea ustulata (L.) R.M. Bateman, Pridgeon et M.W. Chase | Orchis brûlé | Orchidaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Neottia nidus-avis (L.) L. C. M. Rich. | Néottie, nid d'oiseau | Orchidaceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Nigella arvensis L. | Nigelle des champs | Ranunculaceae | 0 - éteint | |
| Nuphar lutea (L.) Smith | Nénuphar jaune commun | Nymphaeaceae | 3 - vulnérable | Annexe 7 |
| Nuphar pumila (Timm) DC. | Petit nénuphar jaune | Nymphaeaceae | 0 - éteint | |
| Nymphaea alba L. subsp. occidentalis (Ostenf.) Hyl. | Nénuphar blanc commun | Nymphaeaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 7 |
| Nymphoides peltata (S. G. Gmel.) O. Kuntze | Faux-nénuphar | Menyanthaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Oenanthe fistulosa L. | Oenanthe fistuleuse | Apiaceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Oenanthe lachenalii C.G. Gmel. | Oenanthe de Lachenal | Apiaceae | 0 - éteint | |
| Oenanthe peucedanifolia Pollich | Oenanthe à feuilles de peucédan | Apiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Oenanthe silaifolia Bieb. | Oenanthe à feuilles de silaüs | Apiaceae | 0 - éteint | |
| Ononis natrix L. | Bugrane gluante | Fabaceae | 0 - éteint | |
| Onopordum acanthium L. | Onoporde acanthe | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Ophioglossum vulgatum L. | Ophioglosse vulgaire | Ophioglossaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Ophrys apifera Huds. | Ophrys abeille | Orchidaceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Ophrys fuciflora (F.W. Schmidt) Moench | Ophrys frelon | Orchidaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Ophrys insectifera L. | Ophrys mouche | Orchidaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Ophrys sphegodes Mill. | Ophrys araignée | Orchidaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Orchis anthropophora (L.) ALL. | Orchis homme pendu, acéras | Orchidaceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Orchis coriophora L. | Orchis punaise | Orchidaceae | 0 - éteint | |
| Orchis laxiflora Lam. | orchis lâche ou orchis à fleurs lâches. | Orchidaceae | | |
| Orchis mascula (L.) L. | Orchis mâle | Orchidaceae | | Annexe 7 |
| Orchis militaris L. | Orchis militaire | Orchidaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Orchis morio L. | Orchis bouffon | Orchidaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Orchis purpurea Huds. | Orchis pourpré | Orchidaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Orchis simia Lam. | Orchis singe | Orchidaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Orlaya grandiflora (L.) Hoffmann | Orlaya | Apiaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Ornithogalum pyrenaicum L. | Ornithogale des Pyrénées, asperge des bois | Liliaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Orobanche alba Steph. ex Willd. | Orobanche du thym | Orobanchaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Orobanche caryophyllacea Smith | Orobanche du gaillet | Orobanchaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Orobanche elatior Sutton | Orobanche élevée | Orobanchaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Orobanche hederae Vaucher ex Duby | Orobanche du lierre | Orobanchaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Orobanche minor Smith | Orobanche du trèfle | Orobanchaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Orobanche picridis F. W. Schultz | Orobanche du picris | Orobanchaceae | 0 - éteint | Annexe 6b |
| Orobanche purpurea Jacq. | Orobanche pourprée | Orobanchaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Orobanche ramosa L. | Orobanche rameuse | Orobanchaceae | 0 - éteint | |
| Orobanche rapum-genistae Thuill. | Orobanche du genêt | Orobanchaceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Osmunda regalis L. | Osmonde | Osmundacae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Papaver dubium L. subsp. lecoqii (Lamotte) Syme | Petit coquelicot de Lecoq | Papaveraceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Parietaria judaica L. | Pariétaire diffuse | Urticaceae | 2 - en danger | |
| Parietaria officinalis L. | Pariétaire officinale | Urticaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Parnassia palustris L. | Parnassie | Saxifragaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Pedicularis palustris L. | Pédiculaire des marais | Scrophulariaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Peucedanum carvifolia Vill. | Peucédan à feuilles de carvi | Apiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Peucedanum palustre (L.) Moench | Peucédan des marais | Apiaceae | 0 - éteint | |
| Phleum phleoides (L.) Karst. | Fléole de Boehmer | Poaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Physalis alkekengi L. var. alkekengi | Coqueret | Solanaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Picris echioides L | Picris fausse-vipérine | Asteraceae | | |
| Pilularia globulifera L. | Pilulaire | Marsileaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Platanthera bifolia (L.) L. C. M. Rich. | Platanthère à deux feuilles | Orchidaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Platanthera chlorantha (Cust.) Reichenb. | Platanthère des montagnes | Orchidaceae | | Annexe 6b |
| Poa bulbosa L. | Pâturin bulbeux | Poaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Poa palustris L. | Pâturin des marais | Poaceae | 3 - vulnérable | |
| Podospermum laciniatum (L.) DC. | Podosperme lacinié, scorzonère en lanières | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Polycnemum majus A. Braun | Grand polycnème | Chenopodiaceae | 0 - éteint | |
| Polygala amarella Crantz | Polygala amer | Polygalaceae | 0 - éteint | |
| Polygala calcarea F. W. Schultz | Polygala du calcaire | Polygalaceae | 0 - éteint | |
| Polystichum lonchitis (L.) Roth | Polystic en lance | Dryopteridaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Potamogeton acutifolius Link | Potamot à feuilles aiguës | Potamogetonaceae | 0 - éteint | |
| Potamogeton alpinus Balb. | Potamot des Alpes | Potamogetonaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Potamogeton berchtoldii Fieb. | Potamot de Berchtold | Potamogetonaceae | 3 - vulnérable | |
| Potamogeton coloratus Hornem. | Potamot coloré, potamot des tourbières alcalines | Potamogetonaceae | 0 - éteint | |
| Potamogeton friesii Rupr. | Potamot à feuilles mucronées | Potamogetonaceae | 0 - éteint | |
| Potamogeton gramineus L. | Potamot graminée | Potamogetonaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Potamogeton lucens L. | Potamot luisant | Potamogetonaceae | 2 - en danger | |
| Potamogeton obtusifolius Mert. et Koch | Potamot à feuilles obtuses | Potamogetonaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Potamogeton pectinatus L. | Potamot pectiné, potamot à feuilles pectinées | Potamogetonaceae | 3 - vulnérable | |
| Potamogeton perfoliatus L. | Potamot perfolié, potamot à feuilles perfoliées | Potamogetonaceae | 2 - en danger | |
| Potamogeton polygonifolius Pourr. | Potamot à feuilles de renouée | Potamogetonaceae | 3 - vulnérable | |
| Potamogeton pusillus L. | Potamot fluet | Potamogetonaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Potamogeton trichoides Cham. et Schlecht. | Potamot à feuilles capillaires | Potamogetonaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Potentilla rupestris L. | Potentille des rochers | Rosaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Potentilla supina L. | Potentille couchée | Rosaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Prunella grandiflora (L.) Scholler | Brunelle à grandes fleurs | Lamiaceae | 0 - éteint | |
| Prunus mahaleb L. | Prunier de Sainte-Lucie, bois de Sainte-Lucie | Malaceae | 2 - en danger | |
| Pseudorchis albida (L.) A. et D. Löve | Orchis blanchâtre | Orchidaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Pulicaria vulgaris Gaertn. | Pulicaire annuelle | Asteraceae | 0 - éteint | |
| Pulmonaria obscura Dum. | Pulmonaire officinale sans taches, pulmonaire sombre | Boraginaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Pulsatilla vulgaris Mill. | Anémone pulsatille | Ranunculaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Pyrola minor L. | Petite pyrole | Pyrolaceae | 3 - vulnérable | |
| Pyrola rotundifolia L. | Pyrole à feuilles rondes | Pyrolaceae | 3 - vulnérable | |
| Quercus pubescens Willd. | Chêne pubescent, chêne blanc | Fagaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Quercus x calvescens Vukot. | | Fagaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Quercus x kerneri Simonk. | | Fagaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Radiola linoides Roth | Radiole, faux lin | Linaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Ranunculus aquatilis L. | Renoncules des eaux calmes, renoncule aquatique | Ranunculaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Ranunculus arvensis L. | Renoncule des champs | Ranunculaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Ranunculus circinatus Sibth. | Renoncules divariquée | Ranunculaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Ranunculus hederaceus L. | Renoncule à feuilles de lierre | Ranunculaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Ranunculus lingua L. | Renoncule langue, grande douve | Ranunculaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 7 |
| Ranunculus peltatus Schrank | Renoncule peltée | Ranunculaceae | 3 - vulnérable | |
| Ranunculus platanifolius L. | Renoncule à feuilles de platane | Ranunculaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Ranunculus serpens Schrank subsp. polyanthemoides (Boreau)Kerguélen et Lambinon | Renoncule des bois | Ranunculaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Ranunculus trichophyllus Chaix | Renoncule à feuilles capillaires, renoncule à feuilles chevelues | Ranunculaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Ranunculus tripartitus DC. | Renoncule tripartite | Ranunculaceae | 0 - éteint | |
| Rhinanthus alectorolophus (Scop.) Pollich subsp. buccalis (Wallr) Schinz et Thell. | Rhinanthe velu | Scrophulariaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Rhinanthus angustifolius C. C. Gmel. subsp. angustifolius | Rhinanthe à grandes fleurs | Scrophulariaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Rhynchospora alba (L.) Vahl. | Rhynchospore blanc | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Rhynchospora fusca ((L.) Ait. f. | Rhynchospore brun | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Rosa agrestis Savi | Rosier des haies | Rosaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Rosa elliptica Tausch | Rosier à folioles elliptiques | Rosaceae | 0 - éteint | |
| Rosa micrantha Borrer ex Smith | Rosier à petites fleurs | Rosaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Rosa rubiginosa L. | Rosier rouillé | Rosaceae | 2 - en danger | Annexe 7 |
| Rosa spinosissima L. | Rosier pimprenelle | Rosaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Rosa tomentosa Smith | Rosier tomenteux | Rosaceae | 2 - en danger | Annexe 7 |
| Rosa villosa L. | Rosier pomme | Rosaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Rubus canescens DC. | | Rosaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Rubus saxatilis L. | Ronce des rochers | Rosaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Rumex aquaticus L. | Patience aquatique, parelle | Polygonaceae | 0 - éteint | |
| Rumex maritimus L. | Patience maritime | Polygonaceae | 3 - vulnérable | |
| Rumex palustris Smith | Patience des marais | Polygonaceae | 2 - en danger | |
| Rumex x heterophyllus C.F. SChultz | Oseille hétérophylle | Polygonaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Sagina nodosa (L.) Fenzl | Sagine noueuse | Caryophyllaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Sagittaria sagittifolia L. | Sagittaire, flèche d'eau | Alismataceae | 2 - en danger | Annexe 7 |
| Salix repens L. | Saule rampant | Salicaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Salvia pratensis L. | Sauge des prés | Lamiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Samolus valerandi L. | Samole | Primulaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Sanguisorba officinalis L. | Sanguisorbe officinale | Rosaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Saxifraga hypnoides L. | Saxifrage fausse-mousse | Saxifragaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Saxifraga rosacea Moench subsp. sponhemica (C.G. Gmel.) D.A. Webb | Saxifrage rhénane | Saxifragaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Scabiosa columbaria L. subsp. pratensis (Jord.) Br.-Bl. | Scabieuse des prés | Dipsacaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Scandix pecten-veneris L. | Peigne de Vénus | Apiaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Scheuchzeria palustris L. | Scheuchzérie | Scheuchzeriaceae | 0 - éteint | |
| Schoenoplectus lacustris (L.) Palla | Scirpe des lacs, jonc des chaisiers commun | Cyperaceae | 2 - en danger | Annexe 7 |
| Schoenoplectus tabernaemontani (C. C. Gmel.) Palla | Scirpe glauque, jonc des chaisiers glauque | Cyperaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Schoenus nigricans L. | Choin noirâtre | Cyperaceae | 0 - éteint | |
| Scilla bifolia L. | Scille à deux feuilles | Liliaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Scleranthus perennis L. | Scléranthe vivace | Caryophyllaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Scorzonera humilis L. | Scorsonère des prés | Asteraceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Sedum rubens L. | Orpin rougeâtre | Crassulaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Sedum sexangulare L. | Orpin de Bologne | Crassulaceae | 3 - vulnérable | Annexe 6b |
| Sempervivum funckii F. Braun ex Koch var. aqualiense E. Morren | Joubarbe d'Aywaille | Crassulaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Senecio aquaticus Hill | Séneçon aquatique | Asteraceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Senecio paludosus L. | Séneçon des marais | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Senecio sarracenicus L. | Séneçon des saussaies | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Serratula tinctoria L. | Serratule des teinturiers | Asteraceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Silene armeria L. | Silène à bouquets | Caryophyllaceae | 0 - éteint | Annexe 6b |
| Silene conica L. | Silène conique | Caryophyllaceae | 0 - éteint | |
| Silene noctiflora L. | Compagnon de nuit | Caryophyllaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Silene vulgaris (Moench) Garcke subsp. vulgaris var. humilis R. Schubert | Silène calaminaire | Caryophyllaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Sisymbrium austriacum Jacq. subsp. austriacum | Sisymbre d'Autriche | Brassicaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Sisymbrium supinum L. | Sisymbre couché | Brassicaceae | 0 - éteint | |
| Sium latifolium L. | Grande berle | Apiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Sonchus palustris L. | Laiteron des marais | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Sparganium natans L. | Rubanier nain | Sparganiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Spergula pentandra L. | Spargoute à cinq étamines | Caryophyllaceae | 0 - éteint | |
| Spiranthes spiralis (L.) Chevall. | Spiranthe d'automne | Orchidaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Spirodela polyrhiza (L.) Schleid. | Lentille d'eau à plusieurs racines | Lemnaceae | 3 - vulnérable | |
| Stachys annua (L.) L. | Epiaire annuelle | Lamiaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Stachys germanica L. | Epiaire d'Allemagne | Lamiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Stachys recta L. | Epiaire dressée | Lamiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Stellaria pallida (Dum.) Piré | Stellaire pâle, mouron pâle | Caryophyllaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Stellaria palustris Retz. | Stellaire glauque | Caryophyllaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Tamus communis L. | Tamier, herbe aux femmes battues | Dioscoreaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Taxus baccata L. | If | Taxaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Teesdalia nudicaulis (L.) R. Brown | Téesdalie | Brassicaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Tephroseris helenitis (L.) Nordenstam | Séneçon à feuilles spatulées | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Tephroseris palustris (L.) Fourr. | Séneçon ramassé | Asteraceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Tetragonolobus maritimus (L.) Roth | Lotier à gousse carrée | Fabaceae | 0 - éteint | |
| Teucrium montanum L. | Germandrée des montagnes | Lamiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Teucrium scordium L. | Germandrée des marais | Lamiaceae | 0 - éteint | |
| Thalictrum flavum L. | Pigamon jaune | Ranunculaceae | 3 - vulnérable | |
| Thalictrum minus L. subsp. pratense (F.W. Schultz) Hand | Petit pigamon | Ranunculaceae | 0 - éteint | |
| Thelypteris palustris Schott | Fougère des marais | Thelypteridaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Thesium humifusum DC. | Thésion couché | Loranthaceae | 0 - éteint | |
| Thesium pyrenaicum Pourr. | Thésion des prés | Loranthaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Thlaspi caerulescens J. et C. Presl subsp. caerulescens | Tabouret sylvestre | Brassicaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Thlaspi caerulescens J. et C. Presl subsp. calaminare (Lej.) Dvorakova | Tabouret calaminaire | Brassicaceae | 2 - en danger | |
| Thlaspi montanum L. | Tabouret des montagnes | Brassicaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Thymelea passerina (L.) Coss. et Germ. | Passerine, langue de moineau, herbe à l'hirondelle | Thymelaeaceae | 0 - éteint | |
| Thymus praecox Opiz | Serpolet couché | Lamiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Torilis arvensis (Huds.) Link | Torilis des moissons | Apiaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Torilis nodosa (L.) Gaertn. | Torilis noueuse | Apiaceae | 0 - éteint | |
| Trichomanes speciosum Willd | | Hymenophyllaceae | | Annexe 6a |
| Trichophorum cespitosum (L.) Hartm. | Scirpe cespiteux | Cyperaceae | 3 - vulnérable | |
| Trientalis europaea L. | Trientale | Primulaceae | | Annexe 6b |
| Trifolium fragiferum L. | Trèfle fraise | Fabaceae | 2 - en danger | |
| Trifolium micranthum Viv. | Trèfle à petites fleurs | Fabaceae | 0 - éteint | |
| Trifolium montanum L. | Trèfle des montagnes | Fabaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Trifolium ochroleucon Huds. | Trèfle jaunâtre | Fabaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Trifolium scabrum L. | Trèfle scabre | Fabaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Trifolium striatum L. | Trèfle strié | Fabaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Triglochin palustre L. | Troscart des marais | Juncaginaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Tulipa sylvestris L. | Tulipe sauvage | Liliaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Turgenia latifolia (L.) Hoffmann | Caucalis à larges feuilles | Apiaceae | 0 - éteint | |
| Ulmus laevis Pallas | Orme lisse, orme pédonculé | Ulmaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Utricularia australis R. Brown | Utriculaire citrine | Lentibulariaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Utricularia minor L. | Petite utriculaire | Lentibulariaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Utricularia ochroleuca R. Hartm. | Utriculaire jaunâtre | Lentibulariaceae | 0 - éteint | |
| Utricularia vulgaris L. | Utriculaire en selle | Lentibulariaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Vaccaria hispanica (Mill.) Rauschert | Saponaire des vaches | Caryophyllaceae | 0 - éteint | |
| Vaccinium oxycoccos L. | Canneberge | Ericaceae | 2 - en danger | Annexe 7 |
| Valeriana wallrothii Kreyer | Valériane officinale des collines | Valerianaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Valerianella carinata Loisel. | Valérianelle carénée | Valerianaceae | 3 - vulnérable | |
| Valerianella dentata (L.) Pollich | Valérianelle dentée | Valerianaceae | 3 - vulnérable | |
| Valerianella eriocarpa Desv. | Valérianelle à fruits velus | Valerianaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Valerianella rimosa Bast. | Valérianelle à oreillettes | Valerianaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Vallisneria spiralis L. | Vallisnérie | Hydrocharitaceae | 0 - éteint | |
| Ventenata dubia (Leers.) Coss. | Venténata fausse-avoine | Poaceae | 0 - éteint | |
| Verbascum blattaria L. | Molène blattaire | Scrophulariaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Verbascum phlomoides L. | Molène faux-phlomis | Scrophulariaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Verbascum pulverulentum Vill. | Molène floconneuse | Scrophulariaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Veronica acinifolia L. | Véronique à feuilles d'acinos | Scrophulariaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Veronica anagallis-aquatica L. subsp. aquatica Nyman | Véronique mouron d'eau | Scrophulariaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Veronica opaca Fries | Véronique à feuilles mates | Scrophulariaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Veronica polita Fries | Véronique à feuilles luisantes | Scrophulariaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Veronica praecox All. | Véronique précoce | Scrophulariaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Veronica prostrata L. subsp. scheereri J.P Brandt | Véronique couchée | Scrophulariaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Veronica triphyllos L. | Véronique trifoliée | Scrophulariaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Veronica verna L. | Véronique printanière | Scrophulariaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Vicia orobus DC. | Vesce des landes, orobe des landes | Fabaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Vicia tenuifolia Roth | Vesce à folioles ténues, vesce à feuilles grêles | Fabaceae | 1 - menacé d'extinction | Annexe 6b |
| Viola calaminaria (Gingins) Lej. | Pensée calaminaire | Violaceae | 2 - en danger | Annexe 6b |
| Wahlenbergia hederacea (L.) Reichenb. | Wahlenbergie | Campanulaceae | 3 - vulnérable | |
| Wolffia arrhiza (L.) Hork. ex Wimm. | Lentille d'eau sans racines | Lemnaceae | 1 - menacé d'extinction | |
| Zannichellia palustris L. | Zannichellie | Zannichelliaceae | 3 - vulnérable | |